Répartir les différents espaces selon des besoins du musée, c’est une des premières questions qui se pose dans le projet.
Ces besoins sont très nombreux et relèvent de la sécurité, la conservation, la médiation. Le premier besoin concerne les parcours d'expositions, permanente et temporaire ; mais de nombreux autres aménagements doivent être prévus, telles les réserves climatisées avec occultation de la lumière pour conserver au mieux les collections qui ne sont pas exposées. Un atelier pédagogique pour recevoir les groupes scolaires ou encore un centre de documentation pour accueillir les chercheurs sont nécessaires.